Strukturę organizacyjną Naczelnej Prokuratury regulują rozporządzenie Ministra Sprawiedliwości z dnia 25 listopada 2008 r. „Regulamin wewnętrznego urzędowania wojskowych jednostek organizacyjnych prokuratury” (Dz. U. Nr 221, poz. 1446) oraz rozkaz organizacyjny Naczelnej Prokuratury Wojskowej z dnia 15 stycznia 2009 r.
W skład Naczelnej Prokuratury Wojskowej wchodzą :
W strukturze Naczelnej Prokuratury Wojskowej funkcjonują również pion ochrony (do spraw ochrony informacji niejawnych) oraz jeden sekretariat, który wykonuje prace kancelaryjno-biurowe i pomocnicze w sprawach załatwianych przez Naczelną Prokuraturę Wojskową.
Wszelkie prawa zastrzeżone © NPW 2009